Grundsätzlich führte Sigmund Freud den Begriff Instanz in der Traumdeutung ein und verstand ihn zunächst Synonym zu „System“, seltener benutze er „Organisation“, „Bildung“ oder „Provinz“, die er jedoch ebenfalls synonym verwendete. Der Begriff System definiert ein topisches Schema des Psychischen. Freud entwickelte zur Erklärung seiner Beobachtungen an Patienten meta-psychologische Konstrukte, um das nicht direkt Beobachtbare in eine bei der Theoriebildung und auch der Praxis brauchbare Bilder- und Metaphernsprache zu übersetzen bzw. auch zu abstrahieren.
Ein Modell beschreibt die Psyche als „Psychischen Apparat“, das er zunächst in unbewusste, vorbewusste und bewusste Anteile untergliederte. Beobachtungen zwingen ihn dann auch, dynamische Phänomene wie die Verdrängung zu erklären, wozu er den Instanzen-Begriff einführte, die dieser Dynamik gerecht werden. In der Folge erweiterte er über Fragen der Energieverteilung im psychischen Apparat schließlich sein Modell zu einer Strukturtheorie des psychischen Apparates, in der Instanzen besondere Funktionen und Aufgaben zugeordnet werden. Als Hauptinstanzen nennt Freud Es, Ich und Über-Ich, deren Ausgestaltung er in seiner letzten großen theoretische metapsychologischen Schrift „Das Ich und das Es“ abschließt. Bei der Instanz handelt es sich – wie bei anderen Metaphern und Bildern im Rahmen der Psychoanalyse auch – nicht um Modelle und Theorien im Sinne der modernen wissenschaftlichen Psychologie.