Ontologie als wissenschaftliche Disziplin innerhalb der Philosophie ist die Lehre vom Sein, d. h., Ontologen denken darüber nach, was existiert oder was konstruiert wird. Daher muss man die Frage nach dem Sein und die nach dem Erkennen trennen. Philosophen versuchen festzulegen, welche Dinge oder Gegenstände immer schon existieren, und zwar entweder durch Konstruieren oder durch Entdecken. Konstruktivisten ziehen diese Unterscheidung in Zweifel. Es wird auch darüber diskutiert, ob es nur eine Ontologie oder mehrere Ontologien gibt.
Ein Beispiel ist etwa die Schichtentheorie, also die Deutung der Wirklichkeit nach dem Modell einer Ganzheit, die aus vertikal gegliederten, aufeinander bezogenen, aber relativ eigengesetzlichen Teilbereichen besteht. In der Philosophie wird die Vorstellung von Schichten seit der Antike als Hilfsmittel ontologischer Betrachtungen verwendet, um den Eigentümlichkeiten eines Wirklichkeitsbereichs Rechnung zu tragen, ohne seine Bedingtheit durch andere ihn tragende Bereiche und die Existenz durchgängiger, allen Wirklichkeitsbereichen gemeinsamer Merkmale zu leugnen.
Der Begriff der Ontologie ist in jüngster Zeit aber nicht nur auf die Philosophie beschränkt, denn zunehmend beschäftigen sich auch Psychologen, Soziologen oder Wirtschaftswissenschaftler mit dem Thema der Ontologie.