Der Begriff endogen meint in Bezug auf psychische Erkrankungen, dass die Erkrankung aus einer Vielzahl von Faktoren von innen heraus entsteht, d. h., ohne erkennbare körperliche Ursachen und ohne begründbaren Zusammenhang mit Erlebnissen. In der Psychiatrie hingegen stellen die endogenen Psychosen eine systematische Sammelbezeichnung für Krankheiten dar, die weniger durch äußere Einflüsse als vielmehr durch die innere auch körperliche Konstitution verursacht sind.
Ganz allgemein bezeichnet der Begriff endogen, dass etwas aus inneren Ursachen entsteht oder aus dem Inneren eines Systems heraus nach innen oder außen wirkt. Das Gegenteil davon ist exogen.
Dieser Begriff findet in verschiedenen Wissenschaften Verwendung, etwa in der Soziologie, in der es eine Charakterisierung des sozialen Wandels als innergesellschaftlich verursacht bezeichnet.